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PNA合成服務(wù)
PNA設(shè)計(jì)
1.結(jié)合特性。
雖然從理論上講，PNA可以從兩個(gè)方向來(lái)和目的片段形成雜交體，但實(shí)際上，常見(jiàn)的是反向結(jié)合（ anti-parallel orientation）。PNA的N末端相當(dāng)于寡核苷酸的5'端，因此也經(jīng)常被稱為PNA的5'端。和普通的DNA/DNA雜交體相比較，PNA/DNA具有較高的Tm值。一般而言，在100mM NaCl的條件下，每個(gè)堿基對(duì)的Tm值會(huì)升高大約1°C。
1.結(jié)合特性。
雖然從理論上講，PNA可以從兩個(gè)方向來(lái)和目的片段形成雜交體，但實(shí)際上，常見(jiàn)的是反向結(jié)合（ anti-parallel orientation）。PNA的N末端相當(dāng)于寡核苷酸的5'端，因此也經(jīng)常被稱為PNA的5'端。和普通的DNA/DNA雜交體相比較，PNA/DNA具有較高的Tm值。一般而言，在100mM NaCl的條件下，每個(gè)堿基對(duì)的Tm值會(huì)升高大約1°C。
2.長(zhǎng)度。
由于PNA具有很高的親和力（higher affinity），因此不需要設(shè)計(jì)很長(zhǎng)的序列，一般而言12-18個(gè)已經(jīng)足以滿足需要，這和其他常規(guī)25-40個(gè)寡核苷酸探針有著巨大的區(qū)別。我們要記得，序列越短，則其特異性就越高。對(duì)PNA而言，有時(shí)更短的序列也會(huì)達(dá)到預(yù)期的效果。反而長(zhǎng)的PNA會(huì)發(fā)生聚集沉淀（aggregate），而影響下游的純化和分析。
由于PNA具有很高的親和力（higher affinity），因此不需要設(shè)計(jì)很長(zhǎng)的序列，一般而言12-18個(gè)已經(jīng)足以滿足需要，這和其他常規(guī)25-40個(gè)寡核苷酸探針有著巨大的區(qū)別。我們要記得，序列越短，則其特異性就越高。對(duì)PNA而言，有時(shí)更短的序列也會(huì)達(dá)到預(yù)期的效果。反而長(zhǎng)的PNA會(huì)發(fā)生聚集沉淀（aggregate），而影響下游的純化和分析。
3.嘌呤含量。
嘌呤含量高的PNA，特別是鳥(niǎo)嘌呤G,也容易發(fā)生聚集沉淀（aggregate）。所以，在任何10個(gè)連續(xù)的PNA單體中，不要有6個(gè)或者更多的嘌呤出現(xiàn)。因此，從這意義上講，越短的PNA序列，那么就越不需要擔(dān)心設(shè)計(jì)上出現(xiàn)問(wèn)題。
嘌呤含量高的PNA，特別是鳥(niǎo)嘌呤G,也容易發(fā)生聚集沉淀（aggregate）。所以，在任何10個(gè)連續(xù)的PNA單體中，不要有6個(gè)或者更多的嘌呤出現(xiàn)。因此，從這意義上講，越短的PNA序列，那么就越不需要擔(dān)心設(shè)計(jì)上出現(xiàn)問(wèn)題。
4.自身互補(bǔ)。
盡量來(lái)防止自身互補(bǔ)（Self-complementarity）的發(fā)生。在序列設(shè)計(jì)上，避免反向重復(fù)（inverse repeats），發(fā)夾結(jié)構(gòu)（hairpin forming），和回文序列（palindromic sequences）。
盡量來(lái)防止自身互補(bǔ)（Self-complementarity）的發(fā)生。在序列設(shè)計(jì)上，避免反向重復(fù)（inverse repeats），發(fā)夾結(jié)構(gòu)（hairpin forming），和回文序列（palindromic sequences）。
5.改善溶解性。
當(dāng) PNA 鏈較長(zhǎng)（>22mer）或者嘌呤含量高（>60%） 時(shí)，為了提高 PNA 探針的溶解性，我們建議在序列中加入一些助溶基團(tuán)如 O linker、E linker、X linker 或者兩個(gè)賴氨酸。當(dāng) PNA 偶聯(lián)多肽或染料時(shí)，接頭（linker） 可以起到空間間隔（spacer）的作用。
當(dāng) PNA 鏈較長(zhǎng)（>22mer）或者嘌呤含量高（>60%） 時(shí)，為了提高 PNA 探針的溶解性，我們建議在序列中加入一些助溶基團(tuán)如 O linker、E linker、X linker 或者兩個(gè)賴氨酸。當(dāng) PNA 偶聯(lián)多肽或染料時(shí)，接頭（linker） 可以起到空間間隔（spacer）的作用。
6. 標(biāo)記 PNA。
PNA 鏈 5' 端和 3' 端均可以標(biāo)記。由于 3' 端是非活性基團(tuán)（-CONH2），所以需加入一個(gè)賴氨酸，其側(cè)鏈上的氨基可以用來(lái)標(biāo)記。如果在 5' 端標(biāo)記，我們建議在 PNA 和標(biāo)記物之間加 1~2 O linkers。標(biāo)記物：熒光基團(tuán)（—NHS 酯或羧基酰胺）、生物素等。
熒光標(biāo)記物種類
PNA相關(guān)知識(shí)
PNA 鏈 5' 端和 3' 端均可以標(biāo)記。由于 3' 端是非活性基團(tuán)（-CONH2），所以需加入一個(gè)賴氨酸，其側(cè)鏈上的氨基可以用來(lái)標(biāo)記。如果在 5' 端標(biāo)記，我們建議在 PNA 和標(biāo)記物之間加 1~2 O linkers。標(biāo)記物：熒光基團(tuán)（—NHS 酯或羧基酰胺）、生物素等。
熒光標(biāo)記物種類
PNA相關(guān)知識(shí)
1.溶解性（Solubility)。
PNA通常很容易在水中溶解（可達(dá)幾百u(mài)M)。但是一些特殊的序列或者經(jīng)過(guò)修飾的PNA，會(huì)出現(xiàn)溶解性降低的現(xiàn)象。此時(shí)需要參照以下的方法：
PNA通常很容易在水中溶解（可達(dá)幾百u(mài)M)。但是一些特殊的序列或者經(jīng)過(guò)修飾的PNA，會(huì)出現(xiàn)溶解性降低的現(xiàn)象。此時(shí)需要參照以下的方法：
a)在60°C中加熱大約10分鐘。
b)加入0.1% TFA或者10-20%的乙腈，或者其他的有機(jī)溶劑，例如（DMF,NMP等）。
2.保存（Storage)。
雖然PNA在常溫下非常穩(wěn)定，但是我們還是建議將PNA在4°C中保存。
雖然PNA在常溫下非常穩(wěn)定，但是我們還是建議將PNA在4°C中保存。
a)100nmol的PNA一般很容易在1-2毫升的水中溶解。
b)我們建議分裝一下。每個(gè)分裝后的PNA可以在每次使用前稀釋在適當(dāng)?shù)木彌_液中。
c)如果需要在零下20度長(zhǎng)時(shí)間保存的話，請(qǐng)將PNA凍干保存。
d)也可以將PNA溶解后在零下20度長(zhǎng)期保存，而不會(huì)對(duì)PNA的效用有任何的影響。這種方法特別適用于嘌呤含量高的短PNA。
e)我們建議用聚丙烯或者聚乙烯的試管來(lái)保存PNA，而不是使用玻璃或者聚苯乙烯的管子。"
3.緩沖液選擇
a)用于DNA。PNA/DNA雜交體的Tm和離子強(qiáng)度沒(méi)有關(guān)系，因此，即使在較低的離子濃度下，PNA也可以非常有效地結(jié)合到DNA。
b)如果用于RNA,低鹽條件會(huì)有助于RNA三級(jí)結(jié)構(gòu)變性，從而使得PNA更容易和RNA雜交。
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