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PNA合成服務(wù)
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PNA合成服務(wù)
PNA設(shè)計
1.結(jié)合特性。
雖然從理論上講，PNA可以從兩個方向來和目的片段形成雜交體，但實際上，常見的是反向結(jié)合（ anti-parallel orientation）。PNA的N末端相當(dāng)于寡核苷酸的5'端，因此也經(jīng)常被稱為PNA的5'端。和普通的DNA/DNA雜交體相比較，PNA/DNA具有較高的Tm值。一般而言，在100mM NaCl的條件下，每個堿基對的Tm值會升高大約1°C。2.長度。
由于PNA具有很高的親和力（higher affinity），因此不需要設(shè)計很長的序列，一般而言12-18個已經(jīng)足以滿足需要，這和其他常規(guī)25-40個寡核苷酸探針有著巨大的區(qū)別。我們要記得，序列越短，則其特異性就越高。對PNA而言，有時更短的序列也會達到預(yù)期的效果。反而長的PNA會發(fā)生聚集沉淀（aggregate），而影響下游的純化和分析。3.嘌呤含量。
嘌呤含量高的PNA，特別是鳥嘌呤G,也容易發(fā)生聚集沉淀（aggregate）。所以，在任何10個連續(xù)的PNA單體中，不要有6個或者更多的嘌呤出現(xiàn)。因此，從這意義上講，越短的PNA序列，那么就越不需要擔(dān)心設(shè)計上出現(xiàn)問題。4.自身互補。
盡量來防止自身互補（Self-complementarity）的發(fā)生。在序列設(shè)計上，避免反向重復(fù)（inverse repeats），發(fā)夾結(jié)構(gòu)（hairpin forming），和回文序列（palindromic sequences）。5.改善溶解性。
當(dāng) PNA 鏈較長（>22mer）或者嘌呤含量高（>60%） 時，為了提高 PNA 探針的溶解性，我們建議在序列中加入一些助溶基團如 O linker、E linker、X linker 或者兩個賴氨酸。當(dāng) PNA 偶聯(lián)多肽或染料時，接頭（linker） 可以起到空間間隔（spacer）的作用。6. 標(biāo)記 PNA。
PNA 鏈 5' 端和 3' 端均可以標(biāo)記。由于 3' 端是非活性基團（-CONH2），所以需加入一個賴氨酸，其側(cè)鏈上的氨基可以用來標(biāo)記。如果在 5' 端標(biāo)記，我們建議在 PNA 和標(biāo)記物之間加 1~2 O linkers。標(biāo)記物：熒光基團（—NHS 酯或羧基酰胺）、生物素等。
熒光標(biāo)記物種類
PNA相關(guān)知識
1.溶解性（Solubility)。
PNA通常很容易在水中溶解（可達幾百uM)。但是一些特殊的序列或者經(jīng)過修飾的PNA，會出現(xiàn)溶解性降低的現(xiàn)象。此時需要參照以下的方法：a)在60°C中加熱大約10分鐘。b)加入0.1% TFA或者10-20%的乙腈，或者其他的有機溶劑，例如（DMF,NMP等）。2.保存（Storage)。
雖然PNA在常溫下非常穩(wěn)定，但是我們還是建議將PNA在4°C中保存。a)100nmol的PNA一般很容易在1-2毫升的水中溶解。b)我們建議分裝一下。每個分裝后的PNA可以在每次使用前稀釋在適當(dāng)?shù)木彌_液中。c)如果需要在零下20度長時間保存的話，請將PNA凍干保存。d)也可以將PNA溶解后在零下20度長期保存，而不會對PNA的效用有任何的影響。這種方法特別適用于嘌呤含量高的短PNA。e)我們建議用聚丙烯或者聚乙烯的試管來保存PNA，而不是使用玻璃或者聚苯乙烯的管子。"3.緩沖液選擇a)用于DNA。PNA/DNA雜交體的Tm和離子強度沒有關(guān)系，因此，即使在較低的離子濃度下，PNA也可以非常有效地結(jié)合到DNA。b)如果用于RNA,低鹽條件會有助于RNA三級結(jié)構(gòu)變性，從而使得PNA更容易和RNA雜交。
